Un double vitrage dans une maison passive n'apporte pas ou moins de gains d'énergie solaire qu'un triple vitrage. Ce dernier apporte dans la maison froide plus d'énergie qu'il ne perd de chaleur. Sur l'une des faces intérieures on dépose une couche faiblement émissive et du gaz rare ( Argon , Krypton ) est introduit entre les faces. De la sorte, les déperditions de chaleur au m² perdues par un vitrage « classique » sont deux fois supérieures à celles d'un vitrage répondant au label Habitat passif. Le problème rencontré avec le triple vitrage est une déformation des couleurs. L'architecte doit ainsi choisir des fenêtres qui sont les plus neutres possibles face à la couleur.

Actuellement on peut trouver sur le marché quelques doubles vitrages très performants, mais ils n'égalent pas les qualités d'un triple vitrage. Ils sont toutefois économiquement plus intéressants. L'architecte Jean-Yves Barrier a opté pour l'installation de double vitrage dans le bâtiment Salvatierra , à Rennes. Dans les pays germaniques, l'utilisation du triple vitrage est privilégiée. La construction bénéficie ainsi tant d'une bonne isolation thermique qu'acoustique.

Ces vitrages, très performants en hiver, peuvent poser problème lors de la période estivale car ils fonctionnent comme des capteurs. Le soleil étant plus haut en été qu'en hiver, la maison passive peut se doter de protections solaires, type auvent ou brise-soleil, qui jouent avec les inclinaisons du soleil.

Cotés est et ouest, le soleil pénètre profondément dans les pièces et une protection solaire pour l'été est nécessaire.

Il n'existe actuellement que très peu de fenêtres adaptées au label Habitat passif que l'on peut installer en toiture. C'est encore en cours de développement.

Outre le vitrage proprement dit, la fenêtre dispose d'un cadre spécifique. En effet, celui-ci est également source de transfert de chaleur. Au montant en aluminium on préfèrera un en bois contenant de l'isolation. L'installation du dormant est particulière, il est notamment préférable d'installer la fenêtre au milieu de l'épaisseur du mur plutôt que vers ses extérieurs. De plus, une isolation adaptée permet de faire la jonction entre les éléments.

La pose de volets roulants est tout à fait possible, mais il faut respecter quelques règles. Afin de ne pas créer des ponts thermiques, ils doivent être installés avec au moins six centimètres d'isolation forte derrière.

Tout comme les fenêtres, les portes d'entrée sont spécifiques. Elles contiennent de l'isolation et sont imperméables à l'air. Les échanges thermiques entre intérieur et extérieur sont par conséquent limités.